Na začátku roku 2020 začal v Biomedicínském centru v Plzni působit špičkový výzkumník a světově uznávaný finský vědec v oblasti genomiky a epidemiologie nádorových onemocnění, profesor Kari Hemminki. V Biomedicínském centru založil a vedl novou Laboratoř translační genomiky nádorových onemocnění a pracoval na evropsky významném projektu CHAPERON – ERA Chair Position for Excellent Research in Oncology (2020-2024). Právě tento projekt do Plzně přivedl Filipa Ambrozkiewicze, Ph.D., polského specialistu na nemoci gastrointestinálního traktu, zejména kolorektální karcinom a Crohnovu chorobu.
Filipe, původně jste přijel do Plzně, abyste pracoval v Biomedicínském centru na projektu Chaperon, který se zabýval špičkovým onkologickým výzkumem. Jak jste se tehdy o této příležitosti dozvěděl?
V době, kdy jsem uvažoval o získání zkušeností v zahraničí, jsem si na webu ResearchGate (online platforma pro vědce a výzkumníky, pozn. autorky) všiml inzerátu na tuto novou laboratoř. Jelikož to byla příležitost pracovat s mezinárodním týmem specialistů a naučit se nové techniky, rozhodl jsem se přihlásit.
Slyšel jste už někdy předtím o Biomedicínském centru v Plzni? Předpokládám, že Univerzita Karlova má v Polsku, odkud pocházíte, dobrou pověst.
Ano, Univerzita Karlova je dobře známá. Musím ale přiznat, že než jsem narazil na inzerát, o Biomedicínském centru jsem nikdy neslyšel.
Na čem jste pracoval před nástupem do Biomedicínského centra?
Stručně řečeno, během svého doktorského studia jsem zkoumal genetickou architekturu zánětlivých onemocnění střev (IBD) s nástupem v dětském a dospělém věku u polské populace a prokázal jsem významné rozdíly v polygenním pozadí vzniku onemocnění napříč věkovými skupinami. Kromě IBD jsem se podílel na studiích několika dalších gastrointestinálních autoimunitních onemocnění, včetně primární biliární cholangitidy, primární sklerotizující cholangitidy a celiakie, stejně jako na výzkumu mikrobiomu jak u lidských kohort, tak u myších modelů. Po dokončení doktorského studia jsem nastoupil na Ústav genetiky Národního onkologického výzkumného institutu Marie Skłodowské-Curie. Moje hlavní povinnosti souvisely s prováděním experimentů v laboratoři sekvenování nové generace, zejména metagenomiky 16S rDNA, RNA-seq, sekvenování miRNA a sekvenování celého genomu. Působil jsem také v metabolomické laboratoři ústavu, kde jsem byl zodpovědný za vytváření a validaci nových protokolů pro metabolomickou analýzu.
Na jaké výzkumné otázky se zaměřujete v Biomedicínském centru?
Náš tým pracuje v oblasti molekulární a translační onkologie. Zaměřujeme se na genetiku a mikroprostředí gastrointestinálních nádorů, zejména hepatocelulárního karcinomu (HCC) a kolorektálního karcinomu (CRC). U jedinečné kohorty pacientů s nevirovým HCC jsme provedli profilování miRNA a snoRNA a identifikovali několik molekul, jejichž vysoká exprese byla spojena s lepšími výsledky léčby a které by potenciálně mohly sloužit jako biomarkery. V případě CRC jsme se zaměřili na sekvenování celého exomu u pacientů s kolorektálním karcinomem, přičemž jsme věnovali zvláštní pozornost rozdílům mezi primárními nádory a metastázami, které se vyvíjejí v různých časových bodech. Tato práce identifikovala odlišné cesty progrese nádoru, které mohou být základem rozdílů v průběhu onemocnění a klinických výsledcích, s potenciálním významem pro prognózu.
Nyní jste obdržel grant Primus pro svůj další výzkum. Tento grant Karlova univerzita uděluje nadějným mladým vědcům. Jakou podporu tento projekt poskytuje a jaké jsou vaše plány v jeho rámci?
V první řadě mi projekt dává příležitost vybudovat si vlastní výzkumný tým. Mými současnými kolegy jsou postdoktorandka Esraa Mahmoud a výzkumný pracovník Biomedicínského centra Andriy Trailin. Dále se k našemu týmu připojili dva doktorandi, Muunda Mudenda a Nassim Rouayed, kteří byli přijati. Grant nám navíc umožní systematicky rozvíjet novou linii výzkumu zaměřenou na načasování metastáz kolorektálního karcinomu. Cílem je lépe porozumět biologii šíření nádoru a identifikovat molekulární markery, které by v budoucnu mohly pomoci zlepšit prognózu a léčbu pacientů.
Mohl byste nám říct, co rád děláte ve volném čase?
Kromě zájmů souvisejících s prací rád ve volném čase kreslím do svého skicáře a čtu dobré knihy (nejraději fantasy a sci-fi). Kromě toho sbírám vinylové desky s rockovou hudbou, nejraději z let 1960–1990. A hraji stolní role-playingové hry.
Jak se vám líbí Plzeň?
Moc se mi tu líbí, je to krásné místo. Historické centrum je úžasné. V horkých letních dnech může „zachránit život“ Košutecké jezírko nebo Bolevecký rybník . Také plzeňská Zoo je opravdu pěkné místo na nedělní procházku.
Filip Ambrozkiewicz, Ph.D. působí jako postdoktorand na Lékařské fakultě v Plzni Univerzita Karlova, kde se věnuje výzkumu v oblasti molekulární biologie a onkologie. Ve své práci se zaměřuje na studium genetických a epigenetických mechanismů, které ovlivňují vznik a vývoj nádorových onemocnění. Dlouhodobě se zabývá zejména rolí nekódujících RNA (např. miRNA či lncRNA) a jejich potenciálem jako biomarkerů využitelných v diagnostice a prognóze nádorů. Je spoluautorem řady odborných publikací v mezinárodních vědeckých časopisech, které se věnují například problematice hepatocelulárního karcinomu či dalším solidním nádorům. Ve svém výzkumu propojuje experimentální přístupy s klinickými daty a přispívá k rozvoji přesnějších metod v oblasti personalizované medicíny.
Od roku 2017 vyhlašuje Univerzita Karlova soutěž Primus, určenou pro mladé nadějné vědce, zejména ty, kteří se na Univerzitu Karlovu vracejí po dlouhodobém pobytu v zahraničí nebo kteří na univerzitě dosud nepracovali. Cílem výzkumného programu Primus je podpořit špičkové výzkumníky při zakládání a rozvoji nových výzkumných skupin a laboratoří. Jedním z dlouhodobých cílů, který se daří naplňovat, je také zvýšení úspěšnosti univerzity při získávání mezinárodních grantů (např. granty Evropské rady pro výzkum – ERC; viz Excellence ve výzkumu). Očekává se proto, že úspěšní žadatelé založí na Karlově univerzitě vlastní laboratoře/výzkumné linie.
